Nacida en la ciudad de Río Grande, provincia de Tierra del Fuego, se graduó como Licenciada en Economía (1993) y en máster en Finanzas Públicas en la Universidad Nacional de La Plata, además de haber realizado un máster en Economía Ambiental en la Universidad de York.
Desde 1992 se desempeñó en diversos cargos en la administración pública bonaerense, entre los que se destacan subsecretaria de Hacienda, directora de Zonas Francas, directora Provincial de Economía Ambiental y Energías Alternativas en el Órgano Provincial para el Desarrollo Sostenible, directora Provincial de Estudios Económicos en el Ministerio de Economía y asistente en la Dirección de Planificación del Ministerio de Infraestructura, entre otros cargos.
En diciembre de 2011, tras obtener su reelección, el por entonces gobernador de Buenos Aires, Daniel Scioli, designó a Batakis como su ministra de Economía, cargo que mantuvo hasta el final de la gestión, en diciembre de 2015.
Durante la campaña presidencial de 2015, Scioli -que fue candidato del entonces Frente para la Victoria– anunció a Batakis como su futura ministra de Economía en una eventual gobierno, aunque luego perdió esa contienda frente a Mauricio Macri en la segunda vuelta electoral.
En 2019 fue designada secretaria de Provincias del Ministerio del Interior, rol desde el cual acordó junto con las 23 provincias el nuevo consenso fiscal que el presidente Alberto Fernández había impulsado con las provincias.
